O longa é a versão para o cinema da peça de John Patrick Shanley, também diretor do filme. Em uma Igreja Católica, o padre (Philip Seymour Hoffman) dá um sermão sobre a dúvida constatando que, como a fé, ela pode ser uma força unificadora entre as pessoas.

Então, a irmã Aloysius (Meryl Streep), diretora rigorosa da escola católica, discute o sermão com as suas colegas freiras e desconfia do comportamento anormal do padre. Com jogo força, no qual a freira e o padre disputam quem pode mais, os dois atores disputam também a atenção do espectador, que fica na expectativa de descobrir quem tem razão, principalmente porque as dúvidas são sobre um possível caso de abuso sexual.